《马德里议定书》第9条之六专门规定了对《马德里协定》的保护。

根据《马德里议定书》第9条之六第1款的规定，对于某个特定的国际申请或国际注册而言，如果原属国既是《马德里议定书》的缔约国又是《马德里协定》的缔约国，则本议定书的任何规定在其它任何既是《马德里议定书》的缔约国又是《马德里协定》的缔约国的国家境内不产生任何效力。

依该条第2款的规定，大会可通过四分之三多数取消上述第1款或限制其适用的范围，但须在本议定书生效10年以后进行，而且在《马德里协定》缔约国中的多数国家成为本议定书的缔约国之日起5年内不得为之。在投票时，只有那些同为《马德里协定》和本议定书的缔约国的国家才有权参与。

虽然《马德里议定书》与《马德里协定》在法律上是完全独立的，但它们都是通常意义上的“马德里联盟”所管辖的条约，而且使用同一个实施细则。